> やりにくい原因の一つは繋げたいメールを見つけるために
> 送信元順に並べ替えますが

相手が件名いじってないのであれば件名でソートしたほうがいい気がします
標準のスレッド操作（特に離れてる場合）がいまいちと感じるのは同意
（ただそれほど頻度多くもないのであまり気にしていません）

標準機能以外でもスレッド操作できるプラグインがいくつかあって
昔使っていたような記憶があるなってことで改めて
検索かけて見つけたのが
Thread Correction（ベクターから入手可能　　ただし本家HPは無くなっています）
使い勝手は人それぞれだと思いますが試してみてはどうでしょう

それ以外はご自身で書かれてる新規フォルダに移動させて操作するのが
簡単かと思います
（その抽出手法として　自分で探す　検索で探す　などはあるかと思います）